Përgjegjësitë, fushëveprimi, rregullat dhe procedurat e punës të Komisionit Qeveritar për Persona të Zhdukur janë të përcaktuara me Ligjin Nr. 04/L-023 Për Persona të Zhdukur, dhe me Rregulloren nr. 15/2012 për punën e Komisionit Qeveritar për Persona të Zhdukur (10.07.2012).

Në kuadër të Komisionit Qeveritar për Persona të Zhdukur funksionon Njësia e KomisionitQeveritar për Persona të Zhdukur, e cila shërben për të organizuar, bashkërenduar, zhvilluar dhe mirëmbajtur aktivitetet e nevojshme për punën e Komisionit.